秘書處收到申請書後，會查核其資格及作初步評估。如有需要，秘書處會要求申請者作出澄清或提交補充資料。合資格的申請將由科技券計劃委員會(委員會)予以考慮，不合資格的則會由科技券計劃秘書處退回申請者。委員會由工商界、科技界、專業服務界及相關政府部門組成，委員會成員名單載於此。獲委員會支持的申請，將提交予創新科技署署長審批撥款。
每宗合資格的申請會按個別情況予以評審和考慮。科技券項目的評審準則包括 –
- 建議項目與申請者的業務是否相關－項目應有望透過提高生產力、降低成本或提升效率、將業務流程升級轉型，以增強申請者的競爭力；
- 預算是否合理－科技券計劃委員會或秘書處會參照其所知悉的有關技術的市價作出評估(透過指定公開電子平台取得的報價除外)。各個開支項目須為必要及與推行項目有直接關係；
- 推行細節是否合理－考慮因素可包括有否訂定具體的項目成果。此外，因應該項科技的複雜程度及項目期限等因素，推行細節應切實可行；以及
- 科技券計劃委員會及秘書處所知悉有關顧問及／或服務提供者的不良記錄(如有)。
如項目原則上值得支持，我們或會參考科技券計劃委員會核准的項目成本，調整資助金額。
秘書處會以書面通知申請者有關結果。實際處理時間會視乎收到的申請書數量、個別申請的複雜程度及所提交的資料是否完整和清楚等。成功申請者或須修訂申請書，以符合科技券計劃委員會及／或秘書處訂定的批准條件(如有)。與其他創新及科技基金項目的做法類似，獲批項目的基本資料將上載至創新科技署網站。
每宗合資格的申請會按個別情況予以評審和考慮。過往申請不被委員會支持的常見原因包括：
- 現成項目的成本構成項目總成本的絕大部分（根據科技券的《申請指南》，購買、租用或訂購屬項目必要組成部分的現成設備/硬件、軟件及科技服務或方案的成本，不應超逾項目成本的50%）；及
- 申請項目只含有少量或沒有科技元素，因而不符合計劃的目標。
申請者應確保所有貨品及服務(包括科技顧問服務及項目審計)的採購工作均以公開、公平及具競爭力的方式進行，並應委聘合資格的供應商或服務提供者。一般而言，申請者應遵守以下採購程序－
- 每次採購項目專用或項目相關的設備或其他貨品或服務時，如總值不超過五萬港元，申請者須自行(非經其代理人或承判商)取得最少兩間供應商或服務提供者的書面報價；
- 每次採購項目專用或項目相關的設備或其他貨品或服務時，如總值超過五萬港元但不多於30萬港元，申請者須自行(非經其代理人或承判商)取得最少三間供應商或服務提供者的書面報價；
- 每次採購項目專用或項目相關的設備或其他貨品或服務時，如總值超過30萬港元但不多於136萬港元，申請者須自行(非經其代理人或承判商)取得最少五間供應商或服務提供者的書面報價；以及
- 每次採購項目專用或項目相關的設備或其他貨品或服務時，如總值超過136萬港元，申請者須遵從公開採購程序，使用普羅大眾容易接觸的渠道以公布招標訊息。
如申請者未能取得上述第(a)至(c)段所訂最低數目的採購報價，必須提供充分理據。除非申請者提供理據並另獲秘書處同意，否則採購合約應批予報價符合第(a)至(c)段要求而索價最低的供應商或服務提供者。
除上述第(a)至(c)段所列明的程序外，申請者亦可選擇透過由秘書處提供的指定公開電子平台邀請報價(如尋求向單一供應商獲取報價的批准則除外)。除非申請者提供理據並獲秘書處同意，否則採購合約應批予透過平台提交而符合要求及索價最低的供應商或服務提供者。有關平台運作的詳情，請參閱以下網址：
https://tvp-eproq.hkpc.org/Supplier/zh-HK/Support/view.aspx?charset=zh-HK
申請者須應秘書處的要求， 就初步入選或獲選的供應商或服務提供者提供充分理據，包括但不限於公司簡介、成立年份、員工人數等。如秘書處對任何供應商或服務提供者的技術能力及／或類似項目往績存疑，或認為任何貨品或服務的採購工作並非按公開、公平及具競爭性的方式進行，秘書處有權剔除有關供應商或服務提供者，並要求申請者重新進行採購程序。
申請者須確保每名報價者／投標者在提交報價或標書時已簽署一份誠信及不合謀報價／投標確認書。有關確認書範本可按此。
雖然申請者可自行委聘顧問、服務提供者及供應商，但為避免利益衝突，申請者所委聘的顧問／服務提供者／供應商，其擁有人、股東、管理層不得為申請者的擁有人、股東、管理層或其親屬。申請者、或獲申請者授權處理報價或招標的人士／員工，或在任何方面涉及報價或招標的人士／員工，應沒有任何實際或潛在利益衝突，否則不應參與採購程序。申請者須以書面向秘書處報告利益衝突的個案，包括所採取的行動。
申請者購買設備／硬件／軟件／其他資產或顧問服務時，須遵守以下規則：
- 以科技券資助款項購買的新設備／硬件／軟件及其他資產的所有權及權益，均屬申請者所有；
- 除非事先取得秘書處的書面批准，否則申請者須在項目完成或項目終止後，保留科技券資助的所有設備／硬件／軟件／其他資產最少一年，並須應要求提供這些設備／硬件／軟件／其他資產，供秘書處或政府／政府授權機構的代表查核。申請者不得在未經事先批准的情況下，在上述指定期內轉讓、出售或處置有關設備／硬件／軟件／其他資產；
- 所有以科技券資助款項購買、購置或租用的項目，均須為沒有侵犯第三方知識產權的獲授權產品；以及
- 使用設備／硬件／軟件／其他資產或顧問服務的風險，應由申請者承擔。
現有設備的採購、維修保養、保用及保險並不包括在科技券的資助範圍內。另外，科技券的資助亦不會涵蓋在項目獲批之前或項目期以外產生的支出。
申請者為項目購買、採購或租用設備、其他貨品或服務時，須以非現金方式(例如信用卡、支票、銀行轉帳)付費。
申請者可以現金方式為項目採購設備、其他貨品或服務，以應付即時需要，惟購置項目專用或項目相關的設備、貨品或服務或上述全部項目的單筆交易總值不得超過5,000港元，並且有關交易是申請者為履行資助協議下所負的義務和責任而合理所需的，以及採購價格合理。申請者須以書面確認已符合上述全部要求。
未經秘書處事先以書面批准，申請者不得以現金方式進行任何總值超過5,000港元的單筆交易。
為避免潛在的利益衝突，科技顧問／服務提供者／供應商不可為申請者提供貸款，以開展科技券項目。
如相關科技券申請是在二零一九年十二月一日前接獲，秘書處會以發還款項方式向申請者發放不多於項目實際成本三分之二(以創新科技署署長核准的款額為上限)的資助。就此，申請者應在科技券項目完成後兩個月內，透過科技券專屬網站，以電子方式向秘書處提交所需文件，以便安排發還核准資助款項。
如該科技券申請是在二零一九年十二月一日或之後接獲，秘書處會在與申請者簽訂資助協議後，按申請者的要求發放首期撥款，上限是項目獲批資助額的25%，申請者須先根據配對原則投入同一百分比的款項。餘下撥款將於秘書處接納申請者提交的項目完成報告後發放。
本計劃不接受申請者以實物出資作為項目成本。
申請者應在科技券項目完成後兩個月內，透過科技券專屬網站，以電子方式向秘書處提交下列文件，以便安排發還核准資助款項：
- 項目最終報告，當中指明項目已經完成，並載有項目開支摘要及項目成果；
- 項目成果證明(例如顧問報告、交付收據、軟件系統的電腦截圖、設備／硬件的照片、舉辦培訓的紀錄如照片及培訓教材等)；
- 每個開支項目的付款發票及相應收據正本或副本。發票及收據上的付款人名稱必須與申請者名稱相同；
- 如核准資助額超過五萬港元，須向秘書處提交由獨立審計師編製的經審計項目收支表；以及
- 如核准資助額為五萬港元或以下，申請者須擬備及提交最後收支表，並聲明該最後收支表準確無誤，且所有開支均符合資助協議所載的規定。申請者擬備最後收支表時，可參閱《申請指南》「審計要求」部分提及的《審計師須知》附件內載述的經審計收支表格式。秘書處有權就最後收支表進行詳細核查。
逾期遞交所需文件，或未能在指定限期內應秘書處的要求就該等文件作出令秘書處滿意的補充澄清，可導致暫緩發放、削減或停止發放項目資助。申請者如在專屬網站提交最終報告或證明文件時遇到困難而需要協助，可聯絡秘書處。
由2019年12月1日起接獲的申請可要求預先發放部分已獲批的撥款。
項目成功獲批的申請者如有意提出預先發放撥款的要求，須在根據《銀行業條例》（第155章）註冊的持牌銀行以企業／機構的名義維持獨立的無風險計息港元帳戶，此帳戶只可處理與項目相關的所有收入與開支（「指定銀行帳戶」）。
由於科技券以3（政府）：1（企業／機構）的配對方式提供資助，申請者須先將按比例應承擔的出資份額存入指定銀行帳戶，並在要求首期撥款時提供存款證明。
舉例來說，獲批的科技券項目如涉總項目成本40萬元，而當中30萬元獲政府資助，10萬元由申請者負責。政府會在申請者於指定銀行帳戶存入2萬5千元（即10萬元的25%）後，發放相應的最高首期撥款7萬5千元（即30萬元的25%）。申請者如存入3萬元（即多於10萬元的25%），政府的首期撥款仍然是7萬5千元。如申請者只存入1萬元（即10萬元的10%），則政府的首期撥款會是3萬元（即30萬元的10%）。
